배경은 가까운 미래. 갑작스레 서태평양에 불어닥친 초거대성 태풍 '그랜드 로어'. 태풍의 탄생과 함께 일어난 기상 이변으로 인해 세계의 지형은 크게 변해버린다. 해면의 상승을 시작으로, 해류의 변화,기후의 변동 등 아시아를 중심으로 세계 각지에 심각한 피해를 심어준 이 자연 재해를, 사람들은 '케이스 오메가'라고 부르며 역사에 기록했다.
그랜드 로어가 발생하 이후로 50년이 지난 지금,인류는 그간의 피나는 노력 덕택에 극복할 수 없을 것만 같았던 피해를 대부분 족구할 수 있었다. 그리고 전체적으로 바다의 면적이 넓어진 지구에서는 해상 항로의 중요성이 재확인 되면서,인류는 그야말로 제 2의 '대항해시대'를 맞이하게 된다. 그러나 발전의 뒷면에서 함께 따라오는 불온한 움직임이 있었으니, 그것은 이미 조직적으로 성장해 버린 '해적'들의 대두였다. 더 이상 묵과 할수 없는 그들의 횡포를 저지하기 위해 급기야 민간 차원에서도 자체적으로 무장을 갖춘 함선 단위의 호위단을 조직하기에 이르고 만다.

이러한 배경으로 이야기는 시작된다. 테러로부터 선박을 지키는 호위함 파스칼 메이지. 그 함내 시스템 업데이트를 위해 나가미야 효스케는 해상 도시로 향한다. 그러나 공항에서 크레이오가 일으킨 소동에 휘말리면서 후카미 산고에게까지 오해를 사게 된다. 오해가 계속 또 다른 오해를 낳으면서 결국 효스케는 잔뜩 화가 난 파스칼 메이지의 여자 승무원들에게 둘러싸이는 상황을 맞이한다. 하지만 파스칼 메이지의 함장은 부모님의 이혼으로 떨어지게 된 누나 미사키 나나였고, 오랜만에 누나와의 재회에 기뻐할 새도 없이 효스케가 타고 있는 파스칼 메이지는 출항을 하고 마는데...