공상하길 좋아하는 고아 소녀, 앤 셜리는 해몬드 씨가 갑자기 세상을 뜬 후 다시 고아원에 보내진다. 패어뷰 고아원에서 다시 프린스 에드워드 섬의 한 가정으로 가게 된 앤은 다시 희망을 갖게 되는데…
캐나다에서 제일 아름다운 섬이라는 프린스 에드워드 섬의 에이번리에 사는 매튜와 마릴라 커스버트 남매는 고아 소년을 데려다 키우기로 결정한다. 소년이 오기로 한 날, 기차역으로 마중을 나간 매튜는 뜻밖에도 빨강머리 소녀를 발견하고 깜짝 놀라고 만다. 하지만 마음씨 착한 매튜는 앤을 데리고 초록 지붕집으로 돌아오는데, 마릴라는 여자아이를 키우는 일에 반대한다. 더구나 쉴 새 없이 조잘대고, 툭하면 엉뚱한 말을 내뱉고, 사고를 치는 앤을 보고, 마릴라는 더욱 내켜하지 않지만 매튜는 이미 앤의 생기발랄하고 귀여운 모습에 마음을 뺏긴 뒤다.
시험기간을 거쳐 매튜와 마릴라의 정식 가족이 된 앤. 그러나 학교에 가서도 끊임없이 사고를 친다. 당근이라고 놀리는 길버트의 머리를 석판으로 내리치거나, 빨강머리를 검은 머리로 바꾼다고 염색해서 오히려 머리를 초록색으로 만들게 된 것. 그러나 성적만은 언제나 상위권. 마릴라는 이런 앤에게 어느새 깊은 애정을 갖게 된다.
하지만 티파티에 다이애나를 초대한 후, 라즈베리 주스인줄 알고 포도주를 대접한 일로 다이애나의 어머니에게 노여움을 사게 된다. 이 사건으로 앤과 다이애나의 우정이 위기에 놓이게 되는데…